Nuño de Guzmán Denomina la parte central de Sinaloa como provincia de Culiacán demárcandola desde el Río Mocorito al Norte, al Río Elota, límite con la provincia de Chametla que llegaba hasta el Río de Las Cañas. Nuño de Guzmán instaló un gobierno militar en las dos provincias, a través de un alcalde mayor, sujeto a la gubernatura de la Nueva Galicia, cuya cabecera en un principio fue la Villa de Compostela, Nayarit y después Guadalajara, Jalisco.
Desde la Villa de San Miguel, se inició la expansión de los españoles hacia el noroeste mexicano, pero como consecuencia de los levantamientos indígenas, en 1536 quedó despoblada la región del sur. Viéndose impedidas las autoridades de Culiacán para conservar ese territorio, solicitaron en 1565 al Capitán Francisco de Ibarra, que recuperara la provincia de Chametla; Ibarra, quien llegando a través de la sierra de Topia, había fundado la Villa de San Juan de Carapoa en las márgenes del Río Fuerte, conquista esa región y funda la Villa de San Sebastián, hoy Concordia, adjudicando la provincia, con sus límites originales, al gobierno de la Nueva Vizcaya, segregándola de la Nueva Galicia, e instalando nuevas autoridades.
Los límites de la provincia de Culiacán que abarcaban los actuales municipios de Angostura, Salvador Alvarado, Mocorito y Badiraguato hacia el Norte, Elota y Cosalá hacia el sur y Navolato en la Costa, permanecieron sin alterarse desde el Siglo XVI hasta bien entrado el Siglo XVIII. En 1786, se implanta en la Nueva España el sistema de intendencias, de esta forma, Sonora y Sinaloa, que desde 1732 había formado una sola gubernatura, pasan a formar la Intendencia de Arizpe, esta forma de gobierno, suprime las alcaldías mayores y denomina partidos a las Antiguas Provincias.
El territorio sinaloense, cuyos límites llegaban al Río Mayo, hacia el norte y al de Las Cañas, en el sur, quedó dividido en 3 partidos, respetándose los límites de las provincias y subdividiéndose en subdelegaciones de Alamos, El Fuerte y Sinaloa; en el sur el partido de San José de Copala, formado por el Real del Rosario, Maloya y Copala; y el partido de Culiacán, con subdelegaciones en la cabecera del partido de Culiacán, con subdelegaciones en la cabecera del partido y en Cosalá.
Bajo la jurisdicción de la subdelegación de Culiacán, quedaron los pueblos de Badiraguato, Capirato, Comanito, Navito, Alayá, Quilá, Aguaruto, Culiacancito, Bachimeto, Otameto, San Pedro, Imala, Navolato, Tepuche, Bachigualato, Los Reales de Minas de El Cajón, San Javier, Alisos y Palos Blancos; bajo la jurisdicción de la subdelegación de Cosalá, quedó el Real de Minas de Nuestra Señora y los pueblos de Conitaca, Santiago de Abuya, La Vinapa, Tacuichamona y Tabalá. En el pueblo de Cosalá se instaló la cabecera de la subdelegación y en la Villa de Culiacán la cabecera del partido y de la subdelegación de su nombre.
En 1813, la Constitución de Cádiz entra en vigor; el artículo 310 contempla la instalación de los ayuntamientos de poblaciones que tuvieran más de mil habitantes.
En 1814, Fernando VII deroga la constitución, pero se vuelve a reinstalar en 1820; a partir de este momento se instalan los primeros ayuntamientos en Sinaloa.
Culiacán continuó ejerciendo su jurisdicción sobre el territorio que le habían adjudicado desde el Siglo XVI, hasta las primeras décadas del Siglo XVIII. En 1823 se aprobó la separación de la Intendencia de Arizpe en dos gobernaciones, un año más tarde, el Congreso de la Unión decreta una nueva fusión, con Sonora y Sinaloa, naciendo el Estado de Occidente. Este hecho no afectó los límites políticos-geográficos de Sinaloa, que permaneció con sus tres departamentos, a su vez subdivididos en partidos con sus respectivos ayuntamientos.
En 1830 se decidió la separación definitiva del estado de occidente en dos entidades federativas, iniciándose así el estudio de las nuevas divisiones políticas internas; estas, serían la base de los límites geográficos de algunos de los actuales municipios. Los departamentos cambiaron su nombre por distritos; el de Culiacán, quedó integrado con sus límites actuales colindantes con Durango, al norte, mas la parte de costa que ocupa el municipio de Navolato; por el sur, el distrito de Culiacán quedó colindando con el de Cosalá, y el de Elota hacia el norte formó un distrito; Mocorito, junto con los territorios que ocupan los municipios de Angostura y Salvador Alvarado, formó otro distrito.
La primera Legislatura del Estado Libre y Soberano de Sinaloa decretó, en los primeros días de 1832, que los once distritos que formaban el Sistema Interno de Gobierno, llevarían agregando a su nombre el de uno de los Insurgentes de 1810, a Culiacán correspondió el de Hidalgo, en honor al Padre de la Independencia.
En 1852, se instalaron en cada cabecera de distrito una jefatura política. En 1861 se suprimen las jefaturas políticas, se instalan las prefecturas y se decreta la Ley de Municipalidades que dividió a los distritos en ayuntamientos, con alcaldías y celadurías. A partir de entonces el distrito de Badiraguato queda suprimido, y pasa al distrito de Culiacán como municipalidad.
En 1878 Culiacán contaba con tres ayuntamientos, uno en la cabecera formado por las alcaldías de Bachigualato, Aguaruto, Culiacancito, San Pedro, Navolato, Bachimeto, Otameto y Altata. Un Ayuntamiento en Badiraguato, formado por la alcaldía de su nombre, la de Alicama, Guaténipa, Atotonilco, Bamopa, Santiago de los Caballeros, Soyatita y San Luis Gonzaga; el tercer ayuntamiento estaba en Quilá, con alcaldías en Navito, la Vinapa, Abuya, Tacuichamona, Tabalá y la de su nombre.
Culiacán permaneció con esas tres municipalidades hasta fines de 1880 en lo que por ley, Badiraguato vuelve a ser distrito, con los límites que anteriormente le correspondían. Los ayuntamientos habían pasado a ser directorías políticas por medio de la ley que sustituía las perfecturas; con esa nueva forma política de gobierno, en cada cabecera de distrito habría una directoría política, y un ayuntamiento subdividido en alcaldías y celadurías.
El crecimiento de los pueblos determinaba los cambios de categorías; así, en 1848, el poblado de Limoncito, sobre las márgenes del Río Culiacán, se erigió en celaduría.
En 1898 se agrega la alcaldía de Navolato, a la alcaldía central de Culiacán y, un año después, se agregan varias celadurías para formar la alcaldía de Culiacancito.
Para 1911, la región que actualmente ocupa el municipio de Navolato, era directoría política, con cabecera en Altata, esa cabecera se trasladó a Navolato y quedó el Puerto como sindicatura.
En 1912 se decretó la Ley de Municipalidades como una nueva forma de gobierno interno, pero es hasta 1915 en que se suprimen las directorías políticas, cuando entra en vigor dicha ley, dando origen a los primeros once municipios libres.
Culiacán, se constituyó como municipio mediante el decreto publicado el 8 de abril de 1915, comprendiendo dentro de sus límites al actual municipio de Navolato que le fue segregado en 1982, según decreto del 27 de Agosto de ese año